《生化危机4》故事紧接上集《生化危机3：灭绝》，爱丽丝在阿拉斯加找到了昏迷的克莱尔，她被“保护伞”公司施以了手术，胸前植入的装置接收到奇怪讯号。她们追踪讯号源，来到了被丧尸占据的洛杉矶……在这里他们与克莱尔的哥哥、身为 S.T.A.R.S.阿尔法小队队员的克里斯汇合，一场与“保护伞”公司的大战即将展开。除克里斯外，曾是阿尔法小队队长的怪物级人物艾尔伯特·威斯克也在电影版中首次登场，成为本集的终极Boss。此外，本片还引进了游戏第五代里的恐怖怪物：虫嘴男和巨斧刽子手。
