疑犯居然有12个人！？高中生侦探 工藤新一前所未有地与多个疑犯展开对决！！故事的主人公当然还是成为柯南之前的高中生侦探，工藤新一。在这次我们的特别篇里，新一将卷入两起案件中。第一个案件是在距地面1万米高空中发生的密室杀人案，一起发生在机舱里的完全犯罪和消失不见的凶器之谜，原作是柯南迷们熟知的“工藤新一所经历的第一个案件”。到底凶手和原作里是一样的吗? 请大家拭目以待。紧接着 向着京都进发的两人又遇到了新案子。他们去拜访了服部平次和毛利小五郎出演电影的摄影所，但是在拍摄过程中却发生了粉尘爆炸，导致拍摄不得不中止。然后，在后台发现了上吊而死的女演员。当所有人都以为这是一起自杀案件的时候，新一却推理出这是一起使用了密室手法的杀人案件！他和平次携手挑战恶意策划这一切的真凶！！
