明治十一年，为了阻止志志雄真实的「京都破坏计划」，卷町操奉命寻找曾暗中支持明治维新，有着「拔刀斋」之称的绯村剑心，同时她也在探寻苍紫的下落。 　　为了阻止志志雄踏上前往京都旅程的剑心，遇见了正在寻找他的小操，于是两人结伴前行并在新月村遇到了志志雄。 　　一边是相信只有强大力量才能推翻腐败政府、创造新世界的志志雄，并一边是认为此举将使百姓陷于水深火热之中的剑心，两人因此而发生冲突……