明宪宗年间，宦官专权，滥杀忠良。侠客周淮安（李连杰饰）在营救贤臣的行动中，终将无恶不作的东厂提督曹少钦一剑毙命，惹恼西厂督主雨化田（陈坤饰）祭出天下格杀令。周淮安等人一路亡命到嘉峪关的龙门，消失于席卷而来的黑沙暴中。尘销风散后，西厂密探、鞑靼商队等江湖各路人马，再度投宿于龙门客栈这家大漠黑店。　　三年前曾毁於大火的龙门客栈里，当年的风骚老板娘金镶玉早已神秘失踪，只剩逃过火劫的伙计们重起炉灶，痴等老板娘回来。几乎被世人遗忘的大漠客栈，再次因缘际会地风起云涌：神秘剑客胡中玉的容貌，为何与雨化田如此相似？对客栈密道了若指掌的吹笛女子凌雁秋（周迅饰），难道就是金镶玉本人？就在由雨化田亲率的西厂追兵赶来之际，地平线突刮起数条龙卷奇风，周淮安横空飞出，欲与雨化田一决生死。大漠风烟间，一场天地变色的正邪之战，即将展开。
      作为首部华语IMAX 3D武侠巨制，《龙门飞甲》的3D效果确实是超乎意料。然而最为关键的是比绚丽的特效更加重要的：在大漠飞烟、刀光剑影之间，依稀可见那个重回昔日的徐老怪，以及他那仿佛失落已久的江湖情怀。
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