警视厅总部的集训终于结束了，已经一年多没有归队的夏实和美幸终于回到墨东分署，继续执行着日常治安维护的勤务。某日，警方根据线报查获一批枪支，发现歹徒似乎正计划走私数量极为庞大的枪支进入东京市，遂积极展开调查。然而就在此时，东京市的交通管制设备突然遭到破坏，市区交通陷入一片混乱，并且接连发生一连串诡异不可解的事件，在一次阻截走私枪械船的行动中收缴了一张光碟，而有点神秘的科长又成为了上级的怀疑对象。正当夏实、美幸及所有警务人员为匿名恐吓电话忙着四处处理解决时，墨东分署竟遭到一批重武器的恐怖分子的乘虚而入、大肆攻击。而他们目标竟是那张光碟。原来，二年前，科长的好友柄本警官在完成“警署袭击大纲”即“蜂一号”后失踪，而这张光碟是其的升级版，可以制造在经济、政治等方面的大混乱。于是，夏实、美幸和大家对逃逸的歹徒展开了陆、海、空的围追堵截，精彩场景不断：胜关桥的升起、水上警船的追击、直升飞机运载下的警车及警车空中着陆，最后摩托精彩的堵截。终于在大家的共同努力下，追回了光碟。而美幸和夏实也擒获了柄本。
